Τα μύδια που προέρχονται από μυδοκαλλιέργειες είναι αρκετά καθαρά και σε απαιτούν ιδιαίτερο καθάρισμα σε σχέση με τα άγρια μύδια.

Τα μύδια πως καθαρίζονται:
Βήμα 1ο : Διαλέξτε και πετάξτε τυχόν ελαττωματικά μύδια (π.χ. με σπασμένο κέλυφος).
Βήμα 2ο : Τα μύδια με ανοιχτό κέλυφος είναι συνήθως είναι νεκρά, αν και δεν ισχύει πάντα. Για να διαπιστώσετε αν το μύδι με ανοιχτό κέλυφος είναι ζωντανό, χτυπήστε το ελαφρά με ένα άλλο μύδι. Αν κλείσει αργά το κέλυφός του είναι ζωντανό, διαφορετικά αν δεν κλείσει είναι νεκρό και θα πρέπει να το πετάξετε, γιατί αν καταναλωθεί μπορεί να γίνει επικίνδυνο για την υγεία σας.

Βήμα 3ο : Τα μύδια προσκολλώνται σε σταθερές επιφάνειες από τις κολλώδεις μεμβράνες γνωστές ως «γένια» ή «μουστάκια». Αν και τα περισσότερα μύδια που προέρχονται από μυδοκαλλιέργειες είναι απαλλαγμένα από τα «γένια», παρόλα αυτά πολλές φορές θα βρεθούν κάποια μύδια που να περιέχουν. Μόλις βρείτε την γενειάδα, τραβήξτε την προς τα κάτω με τα δάκτυλά σας για αν αφαιρεθεί από το μύδι. Αν δεν μπορείτε να την αφαίρεσε τε με τα δάχτυλά σας, χρησιμοποιήστε χαρτί κουζίνας. Ένα μύδι θεωρείται πως έχει καθαριστεί καλά όταν βγει από μέσα και το άσπρο που υπάρχει στην άκρη του μουστακιού του.

Βήμα 4ο : Τοποθετήστε τα μύδια σε ένα σουρωτήρι ή μπολ και ξεπλύντε τα καλά κάτω από τρεχούμενο κρύο νερό. Έτσι, θα  απαλλαγούν από τυχόν υπολείμματα ή φύκια στα κελύφη τους. Εάν αισθάνεστε ότι έχουν κάποια λασπώδη σημεία, τρίψτε τα κάτω από το νερό, χρησιμοποιώντας ένα βουρτσάκι ή μια παλιά οδοντόβουρτσα. Βάζετε τα μύδια σε λεκάνη με άφθονο κρύο νερό να αφήσουν όση άμμο πιθανόν έχουν.

Βήμα 5ο : Μαγειρέψτε τα μύδια με οποιοδήποτε τρόπο επιθυμείτε. Μπορείτε να αχνίσετε τα μύδια σε διάφορες σάλτσες ή απλά σε λίγο νερό. Μόλις ανοίξουν, τα βγάζετε αμέσως. Όσα παραμείνουν κλειστά τα πετάτε. Καλό είναι να μην τα βράσετε πολλή ώρα, γιατί γίνονται σκληρά και σαν λάστιχο.